Trong quá trình sử dụng bộ lọc máy ép thủy lực, bề mặt lõi lọc dần tích tụ cặn và bị tắc; đây là hiện tượng thông thường. Tuy nhiên “tắc” ở đây chỉ tình trạng nghiêm trọng gây lỗi hệ thống thủy lực. Bộ lọc bị tắc có thể khiến bơm hút dầu kém, phát tiếng ồn và hệ thống không hút được dầu nên áp suất không tăng. Nhiều bọt xuất hiện trong thùng, còn áp suất trên lõi lọc có thể tăng gây hỏng lõi. Cần vệ sinh bộ lọc kịp thời bằng các phương pháp sau:
1. Các dung môi thường dùng để vệ sinh bộ lọc thủy lực gồm trichloroethylene, dung môi pha sơn, xăng, carbon tetrachloride và các chất khác. Các dung môi này dễ cháy và có độc tính nhất định; cần chú ý khi làm sạch. Cũng có thể dùng dung dịch kiềm như xút, chất hoạt động bề mặt và tẩy dầu bằng điện phân. Sau khi rửa, cần loại bỏ dung môi sớm nhất có thể, chẳng hạn bằng cách rửa nước.
2. Phương pháp gia nhiệt bay hơi có thể loại bỏ một số cặn trên bộ lọc. Khi gia nhiệt, phải bảo đảm không còn tro carbon hoặc chất rắn bám trong lõi lọc. Dùng bàn chải mềm để loại bỏ bẩn; bàn chải thép cứng có thể làm hỏng lõi dạng lưới, dạng khe và làm bong hạt của lõi thiêu kết. Phương pháp này không áp dụng cho bộ lọc giấy.
3. Có thể vệ sinh bộ lọc máy ép thủy lực bằng phương pháp cơ học và vật lý. Làm sạch bằng siêu âm loại bỏ bẩn trên lõi lọc, nhưng lõi có cấu trúc xốp hấp thụ sóng siêu âm nên có thể ảnh hưởng hiệu quả làm sạch.
4. Thổi bộ lọc máy ép thủy lực bằng khí nén từ phía ngược lớp lọc để đẩy cặn ra; dòng khí dạng xung hiệu quả hơn. Rửa bằng áp lực nước sử dụng nguyên tắc tương tự. Luân phiên hai phương pháp sẽ hiệu quả hơn.