Durante o funcionamento, os depósitos acumulam-se gradualmente no elemento filtrante e podem obstruí-lo. Aqui, «obstrução» significa um bloqueio grave que provoca falhas hidráulicas. Pode causar má aspiração de óleo e ruído na bomba, impedir o aumento da pressão e gerar muitas bolhas no reservatório. O aumento de pressão também pode danificar o elemento. Um filtro obstruído deve ser limpo a tempo pelos seguintes métodos:

1. Os solventes habituais para limpar filtros hidráulicos incluem tricloroetileno, diluente de tinta, gasolina e tetracloreto de carbono. Podem ser inflamáveis e tóxicos; proceda com cuidado. Também se utilizam soluções alcalinas, tensioativos e desengorduramento eletrolítico. Após a limpeza, remova o solvente rapidamente, por exemplo por lavagem com água.

2. Alguns depósitos podem ser removidos por aquecimento e evaporação. Não devem permanecer cinzas de carbono nem partículas sólidas no elemento. Use uma escova de cerdas macias. Uma escova metálica rígida pode danificar filtros de malha ou ranhurados e desprender partículas dos elementos sinterizados. Este método não é adequado para filtros de papel.

3. Os filtros podem ser limpos por métodos mecânicos e físicos, como ultrassons. Contudo, a porosidade do elemento pode absorver as ondas ultrassónicas e reduzir a eficácia da limpeza.

4. Sopre ar comprimido a partir do lado oposto da camada filtrante para expulsar a sujidade; um fluxo pulsante é mais eficaz. A limpeza com água sob pressão segue o mesmo princípio. Alternar os dois métodos melhora o resultado.