تتراكم الرواسب تدريجيًا على عنصر المرشح أثناء العمل. والمقصود هنا انسداد شديد يسبب أعطالًا في النظام الهيدروليكي: ضعف سحب المضخة وضجيجها، وتعذر وصول الزيت وارتفاع الضغط، وظهور فقاعات كثيرة بالخزان، وقد يتلف العنصر بسبب زيادة الضغط. يجب تنظيفه فورًا بالطرق التالية:
أولًا: تشمل مذيبات التنظيف ثلاثي كلورو الإيثيلين ومخفف الطلاء والبنزين ورابع كلوريد الكربون. وهي قابلة للاشتعال وسامة بدرجات متفاوتة، لذا يلزم الحذر. يمكن أيضًا استخدام المحاليل القلوية والمواد الخافضة للتوتر السطحي أو إزالة الشحوم كهربائيًا، ثم إزالة المذيب سريعًا بالغسل بالماء ونحوه.
ثانيًا: يزيل التسخين والتبخير بعض الرواسب، مع تجنب بقاء رماد كربوني أو مواد صلبة داخل العنصر. استخدم فرشاة ناعمة؛ فالفرشاة السلكية الصلبة قد تتلف العناصر الشبكية والشقية وتزيل حبيبات العناصر الملبدة. لا تصلح هذه الطريقة للمرشحات الورقية.
ثالثًا: يمكن تنظيف المرشح بطرق ميكانيكية وفيزيائية كالموجات فوق الصوتية لإزالة الأوساخ. لكن بنية العنصر المسامية تمتص الموجات، وقد يؤثر ذلك في فعالية التنظيف.
رابعًا: انفخ الهواء المضغوط عكس اتجاه الترشيح لإزالة الرواسب، ويكون التدفق النابض أكثر فعالية. يمكن استخدام الماء المضغوط بالطريقة نفسها، والتناوب بين الطريقتين يحسن التنظيف.