Filtre elemanında çalışma sırasında tortu birikmesi normaldir. Buradaki tıkanma, hidrolik sistem arızasına yol açacak kadar ciddidir: pompanın yağ emişi bozulur ve gürültü artar, sisteme yağ gelmez ve basınç yükselmez, tankta çok sayıda kabarcık oluşur. Artan basınç farkı filtre elemanını da bozabilir. Şu yöntemlerle zamanında temizlenmelidir:
Birinci yöntem: Trikloroetilen, boya tineri, benzin ve karbon tetraklorür yaygın temizleme çözücüleridir. Yanıcı ve belirli ölçüde zehirlidir; dikkatle kullanılmalıdır. Alkali çözeltiler, yüzey aktif maddeler veya elektrolitik yağ giderme de kullanılabilir. Sonrasında çözücü kalıntıları suyla yıkama gibi yöntemlerle hızla uzaklaştırılmalıdır.
İkinci yöntem: Isıtma ve buharlaştırma bazı tortuları giderir; elemanda karbon külü veya katı kalıntı bırakılmamalıdır. Yumuşak fırça kullanın. Sert tel fırça, örgülü ve aralıklı filtreleri bozabilir, sinterlenmiş parçacıkları koparabilir. Bu yöntem kâğıt filtrelere uygun değildir.
Üçüncü yöntem: Filtre, ultrasonla kir giderme gibi mekanik ve fiziksel yöntemlerle temizlenebilir. Ancak gözenekli eleman ultrason dalgalarını emebilir ve temizlik etkinliği azalabilir.
Dördüncü yöntem: Kirleri filtre katmanının ters tarafından basınçlı havayla uzaklaştırın; darbeli hava daha etkilidir. Aynı yöntem basınçlı suyla da uygulanabilir. İki yöntemi dönüşümlü kullanmak temizliği iyileştirir.